Назначение экспертизы судом регламентировано ст. 283 УПК РФ. Суд может назначить судебную экспертизу по ходатайству сторон или по собственной инициативе. Когда в уголовном деле имеется несколько заключений экспертов, выводы которых противоречат друг другу, суд должен устранить указанное противоречие.
Если решение о назначении экспертизы принято, суд предлагает сторонам представить в письменном виде вопросы эксперту. Эти вопросы оглашаются судом и по ним заслушиваются мнения участников судебного разбирательства.
Затем суд своим выносит определение или постановление, в котором отклоняет те из них, которые по мнению судьи не относятся к уголовному делу или компетенции эксперта. В этом же документе суд формулирует вопросы эксперту.
Сама судебная экспертиза производится в порядке, установленном гл. 27 УПК РФ. Суд по ходатайству сторон либо по собственной инициативе назначает повторную, либо дополнительную судебную экспертизу при наличии противоречий между заключениями экспертов, которые невозможно преодолеть в судебном разбирательстве путем допроса экспертов.